El 23 de febrero en 1593, el virrey Luis de Velasco ordenó la celeridad de su construcción, que se concluyó en 1607. El nuevo edifico era de mampostería, mientras los anteriores habían sido pajizos, hechos a base de madera y lodo.

   La (hoy conocida) Parroquia Santiago de los Valles se erigió de piedra, e inicialmente el techo era de madera y palma; el estilo arquitectónico que prevalecía en esos años era el renacentista, precisamente el –llamado- herreriano. 

   La portada de la iglesia tiene su frente hacia el sur, se compone de un medio punto enmarcado entre dos columnas sencillas renacentistas y un ventanal alargado sobre el arco de medio punto, que daba luz al coro.

    En el lado poniente de la fachada se ubica la torre de dos cuerpos; en el primero hay dos arcos para las campanas en cada extremo, es decir un total de ocho; en el segundo cuerpo hay un solo arco por cada parte. 

    El remate es canopial; en cada esquina de la base hay una pilastra cuadrada morisca, y sobre el remate (o bóveda) una veleta de hierro forjado. El interior, de una nave, tiene ocho metros de claro. 

   Los muros superan el metro de espesor y el largo mide treinta. El altar mayor de inicio fue estilo renacentista pero en la reconstrucción del siglo XVII fue modificado a barroco, pero como la bóveda se derrumbó, éste desapareció (entre 1857 y 1867). 

   Una vez perdido el antiguo archivo parroquial, se inició la construcción del actual en 1917, sabiéndose que en 1880, al pie del altar de la Virgen de Guadalupe, el presbítero Pablo Rojas encontró una caja de metal enterrada.

   El descubrimiento contenía un manuscrito con información histórica del templo – del cual hizo una copia- pero ésta se perdió al inundarse su casa, ubicada a orillas del río “Valles”.

   Por su parte, los usos del templo también variaron: Fue convento, centro de reunión, custodia religiosa, y hasta escondite de revolucionarios a principios del siglo XX.   

   Igualmente cambió su estructura con el paso del tiempo, dado que el atrio (ubicado al frente) y el panteón (establecido a la izquierda) fueron posteriormente ocupados por el comercio. 

    Así mismo, las celdas del primer monasterio franciscano (en la parte posterior) se convirtieron en cárcel, pero un decreto del Congreso del Estado, del 2 de abril de 1962, autorizó al Ayuntamiento para vender el inmueble, en el Callejón Abasolo.